JMU's ældste doktorgradsprogram, det kliniske og skolepsykologiske program producerer førende professionelle psykologer, som er bredt uddannet i videnskaben og praksis inden for psykologi. Missionen for ph.d.-uddannelsen i klinisk og skolepsykologi (Psy.D.) er at producere førende professionelle psykologer, som er bredt uddannet i videnskaben og praksis inden for psykologi, aktivt selvreflekterende og optimalt forberedt til at arbejde i en bred vifte af miljøer med en mangfoldig kundekreds og beviseligt forpligtet til en etik af personligt ansvar, social bevidsthed og globalt engagement.

Doktorgradsstudiet er tilrettelagt som en forberedelse af forskere inden for uddannelses- og skolepsykologi, som vil deltage i udviklingen af psykologisk teori og forskning gennem selvstændige kreative aktiviteter. Ph.d.-studiet vil uddybe viden på området med anvendelse af tjekkisk og udenlandsk viden, og forskningsresultater vil yderligere udvide ph.d.-studerendes metodiske og forskningsmæssige færdigheder og kompetencer, samt præsentationsfærdigheder, med vægt på pædagogisk og skolepsykologi, andre psykologiske discipliner og samfundsvidenskab. Fokus for ph.d.-studiet er afhandlingen, som har karakter af det originale videnskabelige arbejde. Gennem afhandlingen af den empirisk-teoretiske eller teoretiske forskning opnår den ph.d.-studerende ny viden om det undersøgte emne og beriger dermed dens videnskabelige beskrivelse og konceptualisering. Afhandlingen er involveret i udviklingen af feltet i national og international sammenhæng. Formålet med undersøgelsen er at forberede forskere, som i tilfælde af en videre akademisk karriere på universitetet engagerer sig i pædagogiske, videnskabelige og forskningsmæssige aktiviteter inden for uddannelses- og skolepsykologi, eventuelt også inden for beslægtede psykologiske discipliner og andre samfundsvidenskabelige fag; i tilfælde af praktisk psykologisk aktivitet vil arbejderne teoretisere det givne felt og omfatte det i en bredere faglig kontekst. Det er et program uden specialisering.